Una nueva misión nos espera después de pasar la liga Pokémon llamado Episodio Delta, en la región de Hoenn corre peligro por un meteorito que se estrellara con la tierra mientras los dos equipos Aqua y Magma están robando piedras activadoras. En este episodio se revelara la historia acerca de la MegaEvolución, asiendo conexión con las historia de Pokémon XY. Aparece un nuevo personaje llamado Tristana que tiene una misión, es aquí donde podrás capturar a deoxys. Más tarde podrás capturar a 3 pokémon legendarios por día, los cuales solo serán posibles capturarlos teniendo el Ticket Eón en nuestras copias de Pokémon Rubí Omega y Pokémon Zafiro Alfa respectivamente.